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Rust 中的生物信息学 I/O 库

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Rust 中的生物信息学 I/O 库

noodles noodles 尝试提供符合规范(如适用)的库实现,用于处理各种生物信息学文件格式。目前支持 BAM 1.6、BCF 2.2、BED、BGZF、CRAM 3.0/3.1、CSI、FASTA、FASTQ、GFF3、GTF 2.2、htsget 1.3、refget 2.0、SAM 1.6、tabix 和 VCF 4.3/4.4。

面包屑由文件格式分成多个 crate。为了方便起见,可以在项目的依赖列表中添加一个名为 noodles 的顶级元数据 crate;格式则以 features 的形式列出。例如,要使用 BAM 格式,可以添加 noodles crate 并启用 bam 功能。

  • async: 启用与 Tokio 相关的异步 I/O。 (BAM、BCF、BGZF、CRAM、CSI、FASTA、FASTQ、GFF、SAM、tabix 和 VCF) * libdeflate: 使用 libdeflate 编码和解码 DEFLATE 流。 (BGZF 和 CRAM)

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Rust

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> 工具信息

发布日期2026年8月1日
最后更新2026年9月17日
分类编程语言
定价开源

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