一种生物信息学应用程序,用于轻松导航新组装图
Bandage 现在已经七岁了!尽管它很受欢迎,但我很遗憾没有时间给它应有的关注。此外,它的代码库太大,而我的 C++/Qt 技能又太过生疏,我无法做出任何比较简单的更改。
我并不是在宣布 Bandage 完全被放弃,因为我仍然认为它是一个有用的工具,但不要指望在这个仓库上有大量的开发或支持。不过,我会努力确保 Bandage 在现代系统上继续运行良好。例如,我在 2022 年 1 月发布了 v0.9.0,它使用了最新版本的 Qt 进行编译,并可以在 Apple Silicon Mac 上本地运行。
Bandage 是一个 GUI 程序,允许用户与 de novo 组装程序(如 Velvet、SPAdes、MEGAHIT 等)生成的组装图谱进行交互。 de novo 组装图谱不仅包含组装的连续片段,还包含这些连续片段之间的连接,这些连接以前不易访问。Bandage 使用图谱布局算法来可视化包含连接的组装图谱。绘制的图谱中的节点代表连续片段,可以自动为它们添加 ID、长度或深度标签。用户可以通过移动、标记和着色节点来与图谱进行交互。序列信息可以
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