MACS -- 基于模型的 ChIP-Seq 分析
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随着测序技术的提高,染色质免疫沉淀后高通量测序(ChIP-Seq)正在成为研究全基因组蛋白-DNA相互作用的常用方法。为了解决目前缺乏强大的ChIP-Seq分析方法的问题,我们提出了基于模型的ChIP-Seq分析方法(MACS),用于识别转录因子结合位点。MACS捕获了基因组复杂性的影响,以评估富集ChIP区域的重要性,并且通过结合测序标记位置和方向的信息,提高了结合位点的空间分辨率。MACS可以单独用于ChIP-Seq数据,也可以与对照样本一起使用,提高特异性。此外,作为一种通用的峰值检测器,MACS还可以应用于任何"DNA富集测试",只要问题可以简单地回答:我们可以在什么地方找到比随机背景更多的读数覆盖。
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