AF3 运行时高于含有 5000 个令牌的蛋白质池的报告值

Hi， 我们计划大规模运行 AF3，以在蛋白质组范围内查询 PPI。为此，我们在 SLURM 管理的本地 SCP 上使用 H100。 我们正在进行几次测试，使用的蛋白质池（大约 20-35 个蛋白质），所有的 token 大小都接近 5000。 我们发现此过程的时间非常一致，大约 45 分钟，大约是性能文档中使用 H100 的此 token 大小的运行时间的两倍。 您能否给我们一些提示，可能的原因是什么？ 我认为 I/O 不是主要考虑因素，但将 `json` 文件放到临时磁盘上是否有意义？任何反馈都将非常有用。 您认为蛋白质的数量是否是一个问题？