dynamicPDB

Dynamic PDB 是一个大规模数据集，通过整合动态数据和额外的物理属性，来增强现有的著名静态 3D 蛋白质结构数据库（如蛋白质数据库（PDB））。它包含约 12.6 万个经过过滤的蛋白质，每个蛋白质都经过了全原子分子动力学（MD）模拟，以捕获构象变化。与之前存在的蛋白质 MD 数据集相比，Dynamic PDB 提供了三个关键的进步：

1. 扩展模拟持续时间: 每个蛋白质最多 1 微秒,有助于更全面地理解重大的构象变化。 2. 更精细的采样间隔: 1 皮秒间隔,可捕获更详细的配位性途径。 3. 丰富的物理属性数组: 在 MD 过程中捕获的属性,包括原子速度和力、潜能/动能以及模拟环境的温度等。

| 文件名 | 属性 | 数据类型 | 单位 | | {protein_id}_T.pkl | 轨迹坐标 | float 数组 | Å | | {protein_id}_V.pkl | 原子速度 | float 数组 | Å/ps | | {protein_id}_F.pkl | 原子力 | float 数组 | kcal/mol·Å | | {protein_id}_npt_sim.dat | 潜能能量 动能 总能量 温度 盒体体积 系统密度 | float float float float float float | kJ/摩尔 kJ/摩尔 kJ/摩尔 K nm³ g/mL |

此外,在 MD 模拟期间还存储了以下数据:

下载数据集