refactor(agent): 退出未使用的启动运行程序并删除重复的上下文固定

启动检查发现了一个导出的 runBootPhases orchestration/disposal 抽象，其唯一的仓库调用者是其自身的测试。 startEliza 直接驱动 BootContext.enterPhase。保留未使用的抽象及其固件会增加第二个未使用的启动架构。搜索涵盖了源代码、脚本、模板、文档和工作流程；runtime/index.ts 公开重新导出了它，因此有意地退出了 runBootPhases 和 BootPhase，同时保留了活动的 BootContext、策略和计划 API。还将伪文件系统鸽子编辑整合到现有的真实磁盘重写/读取流中，保留了旧内容排除和已更改的哈希断言。保留了缺失/空文件、明确的清单和主要提示组合边界。验收：受影响的启动/上下文/端口测试、代理类型检查/格式化、根验证；验证现实的过时内容故障被真实磁盘流拒绝，并恢复生产字节。没有新的桥接或实时模型行为变化。设备/用户界面/实时模型证据对未使用的 API 退出和确定性固件清理而言为 N/A。同一启动检查还将钩子覆盖声明计数断言替换为实际的动态钩子调用和观察到的运行时效果。这保留了现有的覆盖合同，而不增加新的情况或桥接。