AutoDock-Vina

AutoDock Vina: 亲合和虚拟筛选程序 --------------------------------------------------- AutoDock Vina 是速度最快、使用最广泛的开源亲合引擎之一。它是一款即用式的计算亲合程序，基于简单的评分函数和快速的梯度优化构象搜索。它最初由分子图形实验室的Oleg Trott博士设计和实现，目前由斯克里普斯研究所的Forli实验室维护和开发。

• AutoDock4.2 和 Vina 评分函数
• 支持同时对多个配体进行配位和虚拟筛选的批量模式
• 支持宏环分子
• 水合配位协议
• 可以写入和加载外部 AutoDock 地图
• Python 绑定器用于 Python 3 (Linux 和 Mac)

引用

• J. Eberhardt, D. Santos-Martins, A. F. Tillack 和 S. Forli. (2021). AutoDock Vina 1.2.0: 新的配位方法、扩展的力场和 Python 结合。化学信息与模拟杂志。
• O. Trott 和 A. J. Olson. (2010). AutoDock Vina: 通过新的评分函数、高效优化和多线程技术来提高结合速度和准确性。计算化学杂志, 31(2), 455-461。