CRAFT_CONFIG_DIR 只被部分代码尊重：workspaces / sessions / credentials / logs 仍指向 ~/.craft-agent（CRAFT_CONFIG_DIR only partially honored）

TL;DR (EN): CRAFT_CONFIG_DIR is documented as relocating the whole config directory, but 15 call sites still hardcode ~/.craft-agent — workspaces, sessions, credentials.enc and logs ignore the variable, so a second instance with a custom dir silently opens the default workspaces. Fix in #1061.

Craft Agents Version

0.13.3（main @ e8963854 同样复现）

Operating System

macOS (Apple Silicon)

OS Version

macOS 26.4

AI Provider

不相关——问题出在配置目录解析，与 provider 无关

Description

CRAFT_CONFIG_DIR 的设计意图是整体切换配置目录，三处都这么写：

• 官方文档 → Reference → Environment Variables：CRAFT_CONFIG_DIR — "Override the default configuration directory (~/.craft-agent/)"
• packages/shared/src/config/paths.ts L4–11：多实例开发靠它 "allowing multiple instances to run simultaneously with separate configurations"
• scripts/electron-dev.ts L91：编号实例（craft-agents-1）就是通过设置它来隔离到 ~/.craft-agent-1

实际只有 config/paths.ts 和 agent/permissions-config.ts 读了这个变量，另有 15 处仍然写死 join(homedir(), '.craft-agent')：

受影响路径	位置
workspaces/（连带 sessions/）	packages/shared/src/workspaces/storage.ts、packages/server-core/src/handlers/rpc/workspace.ts
credentials.enc	packages/shared/src/credentials/backends/secure-storage.ts
docs/、release-notes/、provider-domains.json	shared/src/docs/index.ts、shared/src/release-notes/index.ts、shared/src/utils/logo.ts
docs/browser-tools.md（skill 前置读取）	shared/src/agent/core/prerequisite-manager.ts
window-state.json、logs/*	apps/electron/src/main/window-state.ts、logger.ts
config.json 读取	server-core/src/handlers/rpc/auth.ts、shared/src/interceptor-common.ts
messaging 状态目录	apps/electron/src/main/index.ts、packages/server/src/index.ts
privileged-actions 审计日志	server-core/src/services/privileged-execution-broker.ts
config_validate 会话工具的根目录	session-tools-core/src/handlers/config-validate.ts

结果是：设置了自定义 CRAFT_CONFIG_DIR 的实例会在新目录里生成 config.json、permissions/、themes/ 等，但打开的是默认目录 ~/.craft-agent/ 下的 workspaces、sessions、凭据和日志。两个实例同时运行时，就是两个 SessionManager 在写同一棵 sessions/ 树。

Steps to Reproduce

1. 保持已安装的正式版 app 运行（使用默认 ~/.craft-agent/）
2. 在源码目录执行 CRAFT_CONFIG_DIR=$HOME/.craft-agent-dev CRAFT_APP_NAME="Dev" bun run electron:dev
3. 观察 dev 实例的启动日志和侧边栏

Expected Behavior

dev 实例从空的 ~/.craft-agent-dev/ 启动（onboarding 或新建默认 workspace），完全不碰 ~/.craft-agent/

Actual Behavior

• ~/.craft-agent-dev/ 被创建，里面有 config.json、docs/、permissions/、themes/……
• 但日志输出 Created window for first workspace: <正式版的 workspace 名> 和 Messaging gateway log path: ~/.craft-agent/logs/messaging-gateway.log
• dev 实例直接显示并操作正式版的 workspace 和 sessions

Additional Context

scripts/electron-dev.ts 只在检出目录名以 -<n> 结尾时才设置 CRAFT_CONFIG_DIR，所以大多数人碰不到；一旦手动设置这个变量（例如把 fork 版和已安装的 app 并排跑、或 headless server 想换配置目录）就会触发。

修复见 #1061：所有路径统一走 config/paths.ts 的 CONFIG_DIR（不依赖 shared 的包用同样的 env 回退）。变量未设置时行为不变。