由于 X.Org Foundation 管理不善，可能会失去其一直使用的单字母域名 x.org 。在过去的半年里，他们尝试私下解决这个问题，但是目前看起来解决的希望不大，现在考虑寻求法律解决途径——而该域名将于 2016/1/19 日到期。
这个域名注册的时间要比 X.Org Foundation 还要早，最初是 The Open Group 用于 X Window System 的，注册于上世纪90年代（1997）。注册人 Leon Shiman 是 X.Org Foundation 的创始成员，但过去几年已经不再参与该组织。
目前最大的问题是，由于之前 X.Org Foundation 未能及时递交税务报告，而一度失去了501(c)(3)身份，所以改名为 X.Org Foundation LLC。后来在自由软件法律中心的帮助下恢复了501(c)(3)非盈利组织身份，于是又解散了 X.Org Foundation LLC，这个名字已经不再使用，而 X.Org Foundation 难以证明它和 X.Org Foundation LLC 是同一个组织。
这为各种开源组织提了一个醒。